Patenting Proteomics

Dr. Martina Schuster

doi:10.5771/9783845221441

Summary

Das Proteom beinhaltet alle zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle vorhandenen mobilen Proteinstrukturen. „Proteomics“ (bzw. die „Wissenschaft des Proteoms“) bezieht sich auf seine Analyse und Erforschung. Die Bildung mobiler Proteinstrukturen geschieht innerhalb eines dynamischen Systems mit kontinuierlichen Modifikationen, Interaktionen und Proteinwechselwirkungen.

Die Arbeit versucht die Klärung konkreter Aspekte der patentrechtlichen Implikationen proteomischer Forschung. Was bedeuten die neuen Vorstellungen molekularbiologischer Prozesse für die patentrechtliche Behandlung proteomischer Erfindungen? Wie ist die Stellung von proteomischen Patenten gegenüber Patenten auf Gensequenzen zu bewerten? Behindern breite Patentansprüche auf Genpatente Forschung und Entwicklung?

Am Anfang der Untersuchung steht nach einer kurzen Abgrenzung des Problembereichs „Proteomics“ eine allgemeine naturwissenschaftliche Einführung über die Bedeutung und Funktionsweise von Proteinen. Im ersten Hauptteil der Untersuchung erfolgt dann eine Erläuterung der patentrechtlichen Ausgangspunkte, der Patentierungspraxis in Deutschland, Europa und den USA mit dem Ziel, die Voraussetzungen für eine Patentierung dreidimensionaler Proteinstrukturen sichtbar zu machen. Abschließend widmet sich der zweite Hauptteil der Studie der Frage nach dem ausreichenden Schutzumfang für proteomische Erfindungen.

Die Autorin promovierte an der Ludwig-Maximilians-Universität in München und absolvierte einen LL.M. an der George Washington University in Washington D.C. Sie arbeitet derzeit als Associate bei Bird & Bird in Düsseldorf.

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Bibliographic data

Copyright year: 2010
ISBN-Print: 978-3-8329-4748-4
ISBN-Online: 978-3-8452-2144-1
Publisher: Nomos, Baden-Baden
Series: Munich Intellectual Property Law Center - MIPLC Studies
Volume: 6
Language: English
Pages: 276
Product type: Book Titles

Titelei/InhaltsverzeichnisPages 2 - 12 Download chapter (PDF)
List of AbbrehensionsPages 13 - 18 Download chapter (PDF)
IntroductionPages 19 - 22 Download chapter (PDF)
1. Definition of the TermPages 23 - 25 Download chapter (PDF)
2. 1. Download chapter (PDF)
    1. Primary structure
    2. Secondary structure
    3. Tertiary structure
  2. Download chapter (PDF)
    1. Folding funnel theory of protein folding
    2. Protein misfolding and diseases arising from ‘folding’ defects
  3. Structurally similar, sequence dissimilar proteinsPages 34 - 34 Download chapter (PDF)
  4. Posttranslational modifications (PTM)Pages 34 - 35 Download chapter (PDF)
  5. Role of Enzymes and their chemical activityPages 35 - 40 Download chapter (PDF)
3. Genetic coding of proteinsPages 40 - 41 Download chapter (PDF)
4. Recombinant Protein SynthesisPages 41 - 42 Download chapter (PDF)
5. 1. Proteome initiativesPages 42 - 45 Download chapter (PDF)
  2. Download chapter (PDF)
    1. 1. Gel electrophoresis
      2. Mass spectrometry
    2. 1. Protein Crystallization
      2. X-ray crystallography
      3. NMR structure determination
      4. Protein modeling (homologous-comparison)
  3. Download chapter (PDF)
    1. Databases
    2. Cross-linking of database information
    3. Database screening and drug design
    4. In-silico screening of binding pockets
1. 1. IntroductionPages 59 - 59 Download chapter (PDF)
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    1. 1. U.S.
      2. Patentability of biological material
        Exclusions from patentability
    2. 1. U.S. (Utility)
      2. Europe (Industrial Applicability)
    3. 1. U.S.
      2. The principle of unambiguous parameters
        The principles of second and further medical indications
    4. 1. U.S. (Nonobviousness)
      2. Europe (Inventive Step)
    5. 1. Basic statuatory background
        Deposit requirements
        Background to the debate
        Development of a ‘separate written description’ doctrine
        The ‘dissenting line’
      2. Europe (Sufficient disclosure)
  3. ConclusionPages 114 - 116 Download chapter (PDF)
2. 1. Download chapter (PDF)
    1. Aim of the study
    2. Major fields of 3-D protein structure inventions
  2. Download chapter (PDF)
    1. 1. Claims
      2. Background
      3. Solutions proposed by the EPO and the USPTO
      4. Discussion
    2. 1. Claims
      2. Background
      3. Solutions proposed by the EPO and the USPTO
      4. Discussion
  3. Download chapter (PDF)
    1. 1. Background
        Patent Offices Analysis
        The discussion on the patentability of computer-implemented inventions in Europe
        Classification of In-Silico Screening Methods in Europe
        Classification of In-Silico Screening Methods in the U.S.
      2. Background
        Patent Offices’ Analysis
        Discussion
    2. 1. Claims and Claim Background
      2. Patent Offices’ Analysis
      3. Discussion
    3. 1. Claims
      2. Patent Offices’ Analysis
      3. Reach-through-Claims
        Statutory background in Germany
        Legal situation under U.S. law
  4. ConclusionPages 169 - 172 Download chapter (PDF)
1. Introductory RemarksPages 173 - 174 Download chapter (PDF)
2. 1. Download chapter (PDF)
    1. Claim Construction
    2. Doctrine of equivalents
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    1. Claim Construction
    2. 1. Moulded Curbstone
      2. Further Decisions
  3. Download chapter (PDF)
    1. Germany
    2. U.S.
3. 1. Use of 3-D structure from naturally obtained proteinsPages 194 - 198 Download chapter (PDF)
  2. Use of 3-D structure from recombinant proteinsPages 198 - 200 Download chapter (PDF)
  3. Use of 3-D structure from crystallized proteinsPages 200 - 203 Download chapter (PDF)
  4. Download chapter (PDF)
    1. Protein engineering and legal standards for the use of protein variants
    2. 1. Claims defining proteins in terms of function
        The USPTO Guidelines for Examination of the ‘Written Description Requirement’
      2. Treatment of protein variants in Germany
      3. Application of the principles reliable for protein variants on the use of sequence-dissimilar proteins
      4. Analysis of the approach to define a protein by folding type and function
    3. 1. The “Hypothetical Claim” Analysis
        The interchangeability test
        The ‘function-way–result’ test
        The ruling of Genentech v. Wellcome and the doctrine of equivalents
        Application of the ‘function-way-result’ test to the issue of sequence-dissimilar proteins
        Expansion of the patent coverage to as yet unidentified species
      2. Infringement under the doctrine of equivalents
        Transfer of the case law related to figures and measurements to the field of 3-D protein structures inventions
      3. Conclusions
  5. U.S. Patent No. 5,835,382 “Small Molecule Mimetics of Erythropoietin”: A characteristic proteomic patentPages 237 - 240 Download chapter (PDF)
  6. Download chapter (PDF)
    1. Relationship to patents covering the entire protein
    2. The Amgen case
    3. Applicable law
  7. Download chapter (PDF)
    1. Protection as product of patentable process
    2. The Bayer v. Housey Case
  8. Concluding RemarksPages 249 - 252 Download chapter (PDF)
1. Patentability of Proteomic Patent ClaimsPages 253 - 256 Download chapter (PDF)
2. Scope of ProtectionPages 256 - 259 Download chapter (PDF)
3. General FindingsPages 259 - 262 Download chapter (PDF)
BibliographyPages 263 - 276 Download chapter (PDF)